Putra pertamanya lahir pada 2016, dan putra keduanya lahir pada 2018 Ia menikah dengan pemain cello yang 12 tahun lebih muda darinya pada 2013.
Sebelumnya Shin Hyun Joon tengah berseteru dengan mantan manajernya yang akan menunda syuting Return of Superman.
Lebih lanjutnya konflik antara Shin Hyun Joon dan mantan manajernya, Kim Gwang Seob bermula ditanggal 9 Juli 2020.
Dalam sebuah wawancara, Kim mengatakan Ia mendapat perlakuan tak menyenangkan selama 13 tahun menjadi manajer sang aktor.***